一、企業(yè)職工繳納的大額醫(yī)療保險是否免征個人所得稅？
根據《財政部國家稅務總局關于基本養(yǎng)老保險基本醫(yī)療保險失業(yè)保險費住房公積金有關個人所得稅政策的通知》規(guī)定，企事業(yè)單位按照國家或省（自治區(qū)、直轄市）人民政府規(guī)定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費和失業(yè)保險費，免征個人所得稅。大額醫(yī)療保險不屬于此范疇，應合并進入當月所得計算繳納個人所得稅。
二、企業(yè)職工繳納大額醫(yī)療保險
根據目前的普遍做法，各地社會保險基金管理中心并不負責大額醫(yī)療基金的管理，通常作法是企業(yè)委托商業(yè)性保險公司代為管理或由企業(yè)自行管理。如果企業(yè)將大額醫(yī)療保險委托商業(yè)性保險公司管理，則應當在保險公司落到被保險人的保險賬戶時代扣代繳個人所得稅。
企業(yè)自行管理模式比較有代表性的是北京市的大額醫(yī)療保險費?！侗本┦谢踞t(yī)療保險規(guī)定》規(guī)定：企業(yè)大額醫(yī)療保險費在本企業(yè)職工工資總額4%以內的部分，列入成本，準予稅前扣除。
大額醫(yī)療保險費用于支付職工和退休人員在定點醫(yī)療機構和定點零售藥店發(fā)生的費用：包括個人賬戶不足支付的醫(yī)療費用，基本醫(yī)療保險統(tǒng)籌基金支付之余應由個人支付的醫(yī)療費用，大額醫(yī)療費用互助資金支付之余應由個人支付的醫(yī)療費用。
《北京市企業(yè)大額醫(yī)療保險暫行辦法》規(guī)定：大額醫(yī)療保險由企業(yè)管理。企業(yè)大額醫(yī)療保險費當年結余部分，結轉下一年度使用。由于企業(yè)計提大額醫(yī)療保險時并沒有落入個人賬戶，而且以后每位職工報銷的醫(yī)療費用金額不等，這種管理模式就很難代扣代繳個人所得稅。
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